Задачи заповедника
Сохранение всего природного комплекса, типичного и уникального для данной территории.
Долговременное комплексное стационарное изучение экосистем заповедника и сопредельных территорий (экологический мониторинг).
Сохранение и восстановление аборигенной флоры и фауны.
Разведение, изучение и расселение в местах прежнего обитания европейского зубра.
Сохранение и изучение уникальных степных растительных сообществ, носящих название «Окская флора».
Экопросвещение.
Приокско-Террасный заповедник (ПТЗ) на протяжении более 60 лет своего существования выполнял задачу восстановления редких и сохранения типичных для данного региона видов. Результатом стало обогащение фауны Южного Подмосковья. Бобр - аборигенный вид, к началу XX века полностью истреблённый в центре Русской равнины.
С целью его восстановления в этом регионе в Приокско-Террасный заповедник в 1948 году завезены 2 пары бобров из Воронежского заповедника, в 1955 году - две пары из Белоруссии. В 1962 - 1963 годах началось естественное расселение бобров из ПТЗ на территории Южного Подмосковья.
К 1973 году в его результате образовалась южно-московская популяция бобров численностью 110 особей в 30 поселениях на левых притоках Оки в Серпуховском и Ступинском районах. На октябрь 2003 года в Серпуховском районе (вне ПТЗ) насчитывалось 68 бобровых поселений с численностью 329 особей, ПТЗ населяли приблизительно 40 - 45 особей.
На ноябрь 2008 года в ПТЗ насчитывалось около 30 - 44 бобров. В результате деятельности ПТЗ образовалась стабильная, успешно наращивающая численность южно-московская популяция бобра. Вид возвращён в охотничью фауну.
Лось на Сионском озере заповедника
Косуля - аборигенный вид, полностью истреблённый в регионе к началу XX века. Для его восстановления в Приокско-Террасный заповедник в 1949 году завезены 2 пары, выпущенные на свободу в 1950 году. К 1957 году численность косуль в ПТЗ достигла 63, началось естественное расселение их на территорию Серпуховского и Чеховского районов.
К 1967 году образовалась восстановленная южно-московская популяция косули численностью 157 особей. На март 2004 года численность косуль в Серпуховском районе составляла около 160. В ПТЗ на февраль 2008 года насчитывалось 170 косуль. Вид успешно реинтродуцирован в регионе, возвращён в охотничью фауну.
Лось - малочисленный перед Великой Отечественной войной, после её окончания испытал быстрый рост численности. Максимум её пришёлся на 1961 год: 1300 - 1400 лосей в Серпуховском районе, из них 300 в ПТЗ. Чрезмерная плотность населения сказалась на состоянии леса и на состоянии популяции лося в Южном Подмосковье, пришедшей на грань массового падежа и появления эпизоотий.
Зоолог ПТЗ Л. В. Заблоцкая после детального изучения лося в Южном Подмосковье добилась и организовала регуляцию численности лося путём отстрела. Зимой 1961/62 годов отстрелян 101 лось в ПТЗ и 128 - в Серпуховском районе вне ПТЗ.
В результате численность лося в регионе в течение нескольких лет сократилась до допустимой. На март 2004 года на территории Серпуховского района насчитывалось около 160 лосей. В ПТЗ на февраль 2008 года насчитывалось 10 лосей. Благодаря деятельности ПТЗ популяция лося в Южном Подмосковье сохранена от деградации.
Кабан, пятнистый олень, европейский олень завезены в сопредельные с ПТЗ охотхозяйства, проникли в ПТЗ в 1960, 1966 и 1964 годах соответственно. Для этих видов ПТЗ играет роль станции переживания в периоды охоты и убежища в период размножения.
На март 2004 года в Серпуховском районе 160 - 170 кабанов, 65 пятнистых оленей, 40 - европейских. В ПТЗ на февраль 2003 года 73 кабана, 15 пятнистых оленей, 13 европейских. На февраль 2008 года в ПТЗ 36 кабанов, 6 пятнистых оленей, 9 европейских. В регионе поддерживается стабильная численность этих охотничьих видов.