Научные работы
В заповеднике проводится большой объём работ его научными сотрудниками и учёными других научно-исследовательских учреждений. По материалам исследований, выполненных сотрудниками заповедника и других научно-исследовательских учреждений (по договорам о сотрудничестве) к 2005 году опубликовано более 830 работ. В трудах заповедника, тематических сборниках и научных журналах.
Геоморфологические исследования начаты Н. Н. Боголюбовым, В. С. Яблоковым, Т. Г. Сарычевой, А. Н. Москвитиным. В 1946 - 1949 годах продолжены Окской экспедицией НИИ географии МГУ, в 1960-е годы Институтом почвоведения и агрохимии АН СССР. В 2005 году опубликован Атлас карт заповедника, подготовленный сотрудниками заповедника и Пущинского научного центра биологических исследований АН России.
Ботанические исследования
Флористические исследования. Начаты в XIX веке профессорами Московского университета Н. Н. Кауфманом и Н. И. Горожанкиным, Н. И. Голенкиным, продолжены в XX веке П. А. Смирновым. В конце 20 - начале XXI века продолжены Г. Е. Левицкой, Л. В. Денисовой, С. В. Никитиной, Ю. Е. Алексеевым, М. М. Шовкуном.
Изучение лугово-степных сообществ. Л. И. Красовский (1950-е - 1960-е), В. И. Данилов (1970-е), Г. Е. Левицкая (1990-е), Н. Н. Зеленская (2000-е).
Изучение лесных формаций заповедника. В. Н. Сукачёв (1940-е), О. В. Шахова, Д. А. Корякин (1950-е - 1960-е), А. И. Каляев (1960-е), Н. А. Костенчук (1970-е - по н.вр.(2011)), И. Н. Осипов, О. В. Смирнова (1990-е - 2000-е).
Териологические исследования. А. Т. Ромашова (1945 - 1947), Л. В. Заблоцкая (1947 - 1987), Н. В. Старцев, С. А. Альбов (1988 - 2000-е).
Орнитологические исследования. А. Т. Ромашова (1945 - 1947), Г. Н. Лихачёв (1950-е - 1960-е), С. Д. Кулигин (1973 - 1983), М. М. Заблоцкая (1984 - 2000-е).
Разработка и совершенствование научных основ восстановления зубра. М. А. Заблоцкий (1948 - 2006), И. П. Белоусова (1988 - 2002), Н. В. Требоганова (2000-е).
Изучение биологии, экологии и этологии зубра. М. А. Заблоцкий (1948 - 1996), И. П. Белоусова (1988 - 2002), Н. В. Требоганова (с 1996 года), Е. Чекурова (2000-е).
Фенологичесике наблюдения. С. Д. Кулигин (1973 - 1983), В. И. Данилов (1980 - 1995), Г. В. Соколова (2000-е).
Регулярные наблюдения по программе «Летописи природы» проводятся с 1948 г. Они охватывают основные компоненты заповедника: территорию, погоду, рельеф, воду, исследовательских организаций (по договорам о сотрудничестве) к 2005 году опубликовано более 830 работ в Трудах заповедника, тематических сборниках и научных журналах.